El máximo tribunal penal del país, en un fallo firmado por los jueces Guillermo Yacobucci y Ángela Ledesma, pero con la disidencia del tercer integrante, Alejandro Slokar, consideraron que la apelación presentada por el fiscal general Raúl Pleé contra la concesión de la domiciliaria no cumplía con los requisitos formales para conceder la revisión a la Corte Suprema de Justicia.

Entre 2013 y 2017 se realizaron los juicios ante el tribunal integrado por los jueces Daniel Obligado, Adriana Palliotti y Leopoldo Bruglia (hoy camarista federal por traslado decidido por el Consejo de la Magistratura y el Poder Ejecutivo) en el que Cuomo compareció con medio centenar de represores de la Marina.

Se debatieron 789 de violaciones a los derechos humanos en el centro clandestino de detención que funcionó en la ESMA, entre ellos los denominados “Vuelos de la muerte”. Entre los acusados estuvieron, además de Cuomo, Alfredo Astiz, Jorge “El Tigre” Acosta, Jorge Carlos Rádice, Adolfo Miguel Donda,  Antonio Pernías,  Antonio Vañek y Juan Antonio Azic.